菅義偉内閣総理大臣（以下「菅首相」という。）は，２０２０年１０月１日から任期を迎える日本学術会議（以下「学術会議」という。）の会員について，学術会議が推薦した１０５名の会員候補者のうち６名の任命を拒否した。任命が拒否された具体的な理由については，現在まで説明はなされていない。
学術会議は，わが国の科学者の内外に対する代表機関として，科学の向上発達を図り，行政，産業及び国民生活に科学を反映浸透させることを目的とし（日本学術会議法２条），政府から独立して，科学に関する重要事項を審議し，その実現を図ること及び科学に関する研究の連絡を図り，その能率を向上させることをその職務として行う（同法３条）。この独立性の保障は，真理の探究を本質とする学問研究において，政治の介入によりその自律性が失われ，その本質が歪められることがあってはならないという学問の自由（憲法２３条）の理念を反映したものである。
学術会議の会員は，学術会議が優れた研究又は業績がある科学者のうちからその候補者を選考し，内閣総理大臣に推薦する（同法１７条）。内閣総理大臣は，その推薦に基づいて，会員を任命する（同法７条２項）。また，内閣総理大臣において会員の辞職を承認するにあたっては学術会議の同意を得ることが必要とされ（同法２５条），会員の不適当な行為により内閣総理大臣が当該会員を退職させる場合であっても学術会議の申出に基づくことが求められている（同法２６条）。
上述した学術会議の独立性やその会員の選考・任命方法等の規定に鑑みれば，内閣総理大臣による会員の任命はあくまで形式的なものであり，学術会議が推薦した会員候補者の任命を内閣総理大臣が拒否することは想定されていないというべきである。
この点については，会員を内閣総理大臣が任命する形式となった１９８３年の日本学術会議法改正時の国会審議においても，内閣総理大臣の会員任命は推薦に基づいて行われる形式的なものであり，内閣総理大臣は推薦された候補者の任命を拒否しないことが確認されている。
しかし，今回，菅首相は，その具体的な理由を説明しないまま，学術会議が推薦した会員候補者のうち６名の任命を拒否した。
上述のとおり，内閣総理大臣の任命は形式的なものであるから，仮に任命について一定の裁量を認める余地があるとしても，任命の拒否が許されるのは，ごく例外的な場合に限られるべきである。したがって，政府は少なくとも，任命拒否の理由を具体的に明らかにしたうえ，今般の任命拒否がその例外的な場合に該当することを国民に明確に説明する必要がある。しかるに，具体的な理由を一切明らかにしようとしない今般の菅首相の対応に鑑みれば，本件において，任命拒否が許されるような理由は存在しないものと考えざるを得ない。そうすると，菅首相が推薦された会員候補者の任命を拒否したことは，日本学術会議法７条２項に違反するものといわざるを得ないところである。
また，政府は，内閣総理大臣が学術会議の推薦どおりに会員を任命しなければならないわけではないことは，法改正により，会員の決定方法を，科学者による選挙制から内閣総理大臣の任命制に変更した時からの一貫した考えだとしている。しかし，この説明が法改正時の国会審議において示された政府の解釈に反していることは上述したところからも明らかである。
国会審議を経て確定した法解釈を内閣が恣意的に変更し，その法の趣旨を逸脱した適用を行うことは，国会の地位や権能を形骸化するものであり，許されるものではない。
このような恣意的な法適用により，政府が学術会議の会員人事に介入することを許せば，学術会議の独立性は失われ，時の政府や政治権力の意向に従う組織へと変質する恐れがある。それにより不利益を被るのは，学術会議会員のみならず，自律した組織運営に基づく学問研究の成果を享受すべき国民と社会全体である。
また，問題は学術会議の人事にとどまらない。政府による法解釈の範囲を逸脱した恣意的な解釈変更を許せば，国立大学法人の申出に基づき文部科学大臣が任命する国立大学長の人事など，様々な学問研究分野への政治の介入に道を開くことになる。仮に，そのような介入が現実に行われていないとしても，そのような恐れがあること自体が研究者の学問研究を萎縮させ，学問の自由への脅威となる。残念ながら，任命拒否の具体的な理由を説明しないまま，「既得権益」などと学術会議のあり方を非難する政府の態度が，まさしくその脅威を増幅させているといわざるを得ない。
以上のとおり，この度の菅首相による学術会議会員候補者の任命拒否は，日本学術会議法７条２項に違反するもので，学問の自由への脅威となることから，当会は，その任命拒否に強く抗議し，拒否された候補者全員を速やかに任命することを求めるものである。
2020年11月19日
山梨県弁護士会
会長 深澤 勲